Historia
El día seis de diciembre de 1956 en los albores de la creación de la Diócesis de Duitama -Sogamoso, Monseñor José Joaquín Flórez Hernández, fundó mediante Decreto Numero 70 1956 el Seminario Menor San José, con el fin de atender la necesidad de formación cristiana y vocacional, dentro de los cánones que la Iglesia tenía por ese entonces para los seminarios menores. Comenzó labores en 1957, bajo el patrocinio de San José y funcionando en una sede ubicada en la carrera 13 con calle 17 de Duitama. Posteriormente, en julio de 1967 se trasladó a la actual sede, un lugar apacible y por tanto muy propicio para los fines vocacionales de la institución. La primera promoción de bachilleres estuvo conformada por nueve seminaristas que se graduaron el 18 de noviembre de ese año, siendo Obispo Monseñor Julio Franco Arango.
Desde un comienzo al seminario se propuso reunir a los mejores estudiantes de las diversas parroquias para congregarlos en el seminario, de modo que ese proceso de selección condujera a formar excelentes personas en su vida cristiana y orientada vocacionalmente en el seguimiento de Cristo. En los años siguientes al Concilio Vaticano II el Señor Obispo y el Presbiterio buscaron la forma de implementar la renovación eclesial que este disponía y aplicándola al seminario menor conciliar se propusieron un modelo de formación que abarcara la exploración y acompañamiento vocacional tanto de la vocación sacerdotal como de la vocación laical con énfasis en la formación de líderes cristianos para el compromiso en la transformación cristiana del mundo. La reacción de un sector más conservador condujo a retomar un modelo más tradicional de seminario y por esta razón se presentó una deserción que redujo considerablemente el número de alumnos en una planta física nueva que tenía amplia capacidad para educar, pero altos costos para su mantenimiento y para los padres de familia en sus pensiones.
Como quiera de otros seminarios menores de Colombia atravesaban por situaciones similares, en 1972 el seminario conciliar de Duitama en compañía de otros trece seminario menores del país, entro en un acuerdo realizado entre la Conferencia Episcopal de Colombia y el Ministerio de Educación Nacional, motivado en el interés mutuo de extender el servicio educativo a más niños, mediante una plena utilización de los seminarios menores, su infraestructura dotación y carisma de sus gestores y educadores. En ese nuevo marco el proyecto educativo del seminario, conservando su vocación de ser semillero de vocaciones sacerdotales, se fue ajustando también a los principios de la Iglesia sobre la escuela católica y a las directrices contenidas en el Directorio Nacional de Pastoral Educativa publicado en 1981 por la Conferencia Episcopal de Colombia. Estos ajustes doctrinales y pastorales se hicieron bajo la guía del Señor Obispo Monseñor Jesús María Coronado Caro.
Al entrar a trabajar en un marco contractual con el Estado, se cambió su nombre por el de Colegio Seminario Diocesano y empezó una etapa de mayor apertura hacia las necesidades de la educación, de participación en la facilitación del acceso a una educación cristiana de calidad, bajando considerablemente los costos educativos a los padres de familia debido al subsidio estatal consistente en la destinación de personal docente y administrativo para desempeñar sus funciones en el Colegio de la Diócesis. Esta misma voluntad y motivaciones que sustentan el funcionamiento y el desarrollo del proyecto educativo católico del Colegio han estado presentes en los sucesivos Obispos, Monseñor Misael Vacca Ramírez, quien estuvo guiando la labor pastoral del Colegio y con total disponibilidad para laborar en el marco de la cooperación con el Municipio. La relación contractual entre la Diócesis de Duitama-Sogamoso y el Colegio Seminario Diocesano de Duitama, con el Estado en sus niveles nacional, departamental y municipal se inició con el Ministerio de Educación Nacional en el año de 1972, siempre con el objeto de prestar el servicio educativo y siempre cumpliendo lo acordado y obteniendo muy buenos resultados en los estudiantes, en la comunidad educativa del Colegio y para el bienestar y progreso de la ciudad. Con el proceso de descentralización la contratación pasó al Departamento de Boyacá desde el año de 1992 y desde enero del 2003 se suscriben los contratos con el Municipio, al convertirse en Entidad Territorial Certificada para administrar directamente la prestación del servicio educativo en virtud de lo dispuesto en la ley 715 de 2001. Desde el año 2007 se empezó un desmonte gradual del contrato de administración de docentes y administrativos en comisión, contrato No. C9M10022003 suscrito en 2003 y se inició el paso a la modalidad de contrato de prestación del servicio educativo.